Ras蛋白的分子动力学模拟及构象变化研究文献综述

一、研究目的通过分子动力学模拟的方法，研究Ras蛋白（包括K-Ras、H-Ras、N-Ras）的动态构象变化，从而更加深入的了解Ras蛋白，为进一步揭示疾病的发病机制打下坚实的基础，指导药物的发现与设计。

二、研究内容和手段利用计算机辅助药物设计手段，通过分子动力学模拟等方法揭示Ras蛋白的构象变化，从而进一步了解Ras蛋白的动态结构与作用方式，为进一步发现与蛋白更好的结合的药物做好基础。

分子模拟是研究蛋白质动态行为与功能关系的有效方法。

分子动力学(MD)模拟是在分子力学基础上描述体系运动随时间的演化过程，可以在原子水平上提供体系运动变化的细节，为蛋白质的功能研究提供重要的信息。

该方法如今已经被广泛地应用于生物研究领域中。

分子动力学模拟不仅能提供生物大分子的动力学结构信息，而且能提供蛋白质与配体相互作用的能量信息。

这些信息对于理解蛋白-配体相互作用的靶点与本质的结构-功能关系，指导药物的发现和设计过程都具有重要的意义。

三、成果形式一篇毕业论文四、课题工作进度安排2018.2.25 2018.3 文献调研、学习Linux、Amber、Pymol等相关软件的使用2018.3 2018.4分子动力学模拟实验2018.4 2018.4Ras蛋白构象变化分析与实验结果评估2018.4 2018.5完成论文撰写和毕业答辩五、文献综述与主要参考文献1 Ras蛋白及其在疾病中的影响Ras蛋白是小GTP酶[1]中的Ras蛋白超家族中的基本成员，其处于人体内高度复杂的信号传导网络的中心，控制着正常细胞生长过程的许多方面，包括细胞分化、存活和增殖[2,3]。

Ras蛋白是在与鸟苷三磷酸(GTP)结合后有活性，与鸟苷二磷酸(GDP)结合后失活之间循环的二元分子开关。