基于神经网络的构象能量预测文献综述

1 拟研究和解决的问题 分子模拟是指利用理论方法与计算技术，模拟出化学分子的外观或性质，属于计算化学与计算生物学领域的研究对象。

并且是化学与生物学上，如结构生物学等学门所应用的研究方法。

依据模拟的原理，分子模拟可以分为两种类别：经验计算的分子力学模拟MM(Molecular Mechanics)和理论计算的量子力学模拟QM(Quantum Mechanics)。

分子力学模拟是建立在经验力场(Force field)的基础之上，是不同原子力场类型的定义及不同价键和非键能量表达形式的集合体。

分子力学采用经典力学来模拟分子体系，可用于研究小分子的情况，也可用于研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料。

由于分子力学忽略了电子运动，使得计算时间大幅缩短，因而可用于计算包含上万个粒子数目的体系。

但是，由于忽略了电子的运动，分子力学无法获得那些取决于分子中电子分布的性质，这使得分子力学计算的准确性受到限制。

量子力学主要是指利用计算机技术进行的量子力学模拟和计算，即计算的量子力学。

与分子力学不同，量子力学可以精确地表达电子的运动，能够得到依赖于电子分布的性质。

因为大分子体系在原子分辨率下包含数以千计的原子，所以对其进行动力学模拟是非常具有挑战性的工作。